{"text_format":"3","workbook":"xlsx","n_sheets":10,"sheets":["S1","S2","S3","S4","S5","S6","S7","S8","S9","S10"],"not_rendered":{"defined_names":2},"read":"whole","date_system":"1900"}

{"sheet":"S1","index":0,"n_rows":8,"n_cols":14,"rows_kept":8,"merged":[[0,0,0,13]]}
["Table S1 Details on whole genome re-sequencing data for BSA-seq"]
["Sample","Total clean reads generated ","Total clean data (Bases)","GC (%)","Q20 (%)","Q30 (%)","No. uniquely mapped reads","Percent of uniquely mapped reads (%)","No. multiplely mapped reads","Percent of multiplely mapped reads (%)","No. unmapped mapped reads","Percent of  unmapped  reads (%)","Coverage(%)","Mean depth"]
["Xuhua13",{"v":241179022,"d":"241,179,022"},{"v":71449965154,"d":"71,449,965,154"},36.92,98.71,96.06,198499687,{"v":82.30387757356442,"d":"82.30"},36610409,{"v":15.17976509582164,"d":"15.18"},6068926,{"v":2.5163573306139297,"d":"2.52"},93.87,24.03]
["Zhonghua6",{"v":212764668,"d":"212,764,668"},{"v":56886981074,"d":"56,886,981,074"},37.45,98.45,95.49,172255674,{"v":80.96065743396831,"d":"80.96"},35893815,{"v":16.87019529013153,"d":"16.87"},4615179,{"v":2.16914727590015,"d":"2.17"},92.89,19.05]
["bulk-HP",{"v":353259329,"d":"353,259,329"},{"v":104364342277,"d":"104,364,342,277"},38.38,98.78,96.23,283747458.5,{"v":80.32270776916977,"d":"80.32"},60030122.5,{"v":16.99321647638638,"d":"16.99"},9481748,{"v":2.68407575444384,"d":"2.68"},94.32,34.01]
["bulk-LP",{"v":343455230,"d":"343,455,230"},{"v":101761983654,"d":"101,761,983,654"},{"v":36.6,"d":"36.60"},98.83,96.35,282063404,{"v":82.1252318679206,"d":"82.13"},53329853,{"v":15.52745404401033,"d":"15.53"},8061973,{"v":2.34731408806906,"d":"2.35"},94.96,33.74]
["Mean",{"v":287664562.25,"d":"287,664,562"},{"v":83615818039.75,"d":"83,615,818,040"},{"v":37.3375,"d":"37.34"},{"v":98.6925,"d":"98.69"},{"v":96.0325,"d":"96.03"},234141555.875,{"v":81.42811866115578,"d":"81.43"},46466049.875,{"v":16.14265772658747,"d":"16.14"},7056956.5,{"v":2.429223612256745,"d":"2.43"},{"v":94.00999999999999,"d":"94.01"},{"v":27.7075,"d":"27.71"}]
["Sum",{"v":1150658249,"d":"1,150,658,249"},{"v":334463272159,"d":"334,463,272,159"},"-","-","-"]

{"sheet":"S2","index":1,"n_rows":23,"n_cols":6,"rows_kept":23,"merged":[[0,0,0,5]]}
["Table S2 Detailed information on genome-wide polymorphic loci"]
["Chr","Length","No. SNPs","SNP density","No. InDels","InDel density"]
["A01",{"v":112420854,"d":"112,420,854"},{"v":7383,"d":"7,383"},65.67,{"v":1080,"d":"1,080"},9.61]
["A02",{"v":103302290,"d":"103,302,290"},{"v":15897,"d":"15,897"},153.89,{"v":2293,"d":"2,293"},{"v":22.2,"d":"22.20"}]
["A03",{"v":143109472,"d":"143,109,472"},{"v":5180,"d":"5,180"},{"v":36.2,"d":"36.20"},857,5.99]
["A04",{"v":128801742,"d":"128,801,742"},{"v":2179,"d":"2,179"},16.92,355,2.76]
["A05",{"v":116542366,"d":"116,542,366"},{"v":6276,"d":"6,276"},53.85,{"v":1069,"d":"1,069"},9.17]
["A06",{"v":118975115,"d":"118,975,115"},{"v":16697,"d":"16,697"},140.34,{"v":1799,"d":"1,799"},15.12]
["A07",{"v":81752458,"d":"81,752,458"},{"v":12126,"d":"12,126"},148.33,{"v":1806,"d":"1,806"},22.09]
["A08",{"v":51529986,"d":"51,529,986"},{"v":5187,"d":"5,187"},100.66,924,17.93]
["A09",{"v":120499698,"d":"120,499,698"},{"v":15023,"d":"15,023"},124.67,{"v":1840,"d":"1,840"},15.27]
["A10",{"v":117076737,"d":"117,076,737"},{"v":17247,"d":"17,247"},147.31,{"v":2226,"d":"2,226"},19.01]
["B01",{"v":149287806,"d":"149,287,806"},{"v":9988,"d":"9,988"},{"v":66.9,"d":"66.90"},{"v":1489,"d":"1,489"},9.97]
["B02",{"v":120530088,"d":"120,530,088"},{"v":15836,"d":"15,836"},131.39,{"v":2077,"d":"2,077"},17.23]
["B03",{"v":146301462,"d":"146,301,462"},{"v":18786,"d":"18,786"},128.41,{"v":2623,"d":"2,623"},17.93]
["B04",{"v":143237272,"d":"143,237,272"},{"v":20597,"d":"20,597"},{"v":143.8,"d":"143.80"},{"v":2661,"d":"2,661"},18.58]
["B05",{"v":160028458,"d":"160,028,458"},{"v":25811,"d":"25,811"},161.29,{"v":3414,"d":"3,414"},21.33]
["B06",{"v":151242074,"d":"151,242,074"},{"v":4610,"d":"4,610"},30.48,{"v":1026,"d":"1,026"},6.78]
["B07",{"v":134191082,"d":"134,191,082"},{"v":3985,"d":"3,985"},{"v":29.7,"d":"29.70"},907,6.76]
["B08",{"v":135027066,"d":"135,027,066"},{"v":13194,"d":"13,194"},97.71,{"v":1637,"d":"1,637"},12.12]
["B09",{"v":159361216,"d":"159,361,216"},{"v":1850,"d":"1,850"},11.61,462,{"v":2.9,"d":"2.90"}]
["B10",{"v":145034356,"d":"145,034,356"},{"v":23755,"d":"23,755"},163.79,{"v":3418,"d":"3,418"},23.57]
["Whole",{"v":2538251598,"d":"2,538,251,598"},{"v":241607,"d":"241,607"},{"v":95.18638742919448,"d":"95.19"},{"v":33963,"d":"33,963"},{"v":13.38047025234257,"d":"13.38"}]

{"sheet":"S3","index":2,"n_rows":25,"n_cols":4,"rows_kept":25}
["Table S3 Basic information of the genetic linkage map of the RIL population"]
["Linkage group","No. of Bin Markers","Length (cM)","Bin interval (cM)"]
["A01",106,133.55,1.26]
["A02",120,111.11,0.93]
["A03.1",38,33.96,0.89]
["A03.2",57,68.93,1.21]
["A04",45,85.25,1.89]
["A05",119,92.42,0.78]
["A06",135,103.29,0.77]
["A07",105,95.37,0.91]
["A08",80,113.3,1.42]
["A09",81,100.04,1.24]
["A10",115,102.85,0.89]
["B01",58,70.7,1.22]
["B02",62,85.77,1.38]
["B03.1",89,85.86,0.96]
["B03.2",34,38.13,1.12]
["B04",140,104.24,0.74]
["B05",172,102.8,0.6]
["B06",70,78.52,1.12]
["B07",48,82.14,1.71]
["B08",50,86.57,1.73]
["B09",27,59.57,2.21]
["B10",130,110.79,0.85]
["Total",1881,1945.16,1.03]

{"sheet":"S4","index":3,"n_rows":1883,"n_cols":261,"rows_kept":281,"cut":true,"bounds":{"rows_first":125,"rows_last":31,"rows_between":125,"halvings":4}}
["Table S4 Genotypes of 1881 bin markers in 257 lines"]
["Bin marker","Physical location","Linkage group","Position(cM)","22QT1223","22QT1224","22QT1225","22QT1226","22QT1227","22QT1228","22QT1229","22QT1230","22QT1231","22QT1232","22QT1233","22QT1234","22QT1235","22QT1236","22QT1238","22QT1239","22QT1240","22QT1241","22QT1242","22QT1243","22QT1244","22QT1245","22QT1246","22QT1247","22QT1248","22QT1249","22QT1250","22QT1251","22QT1252","22QT1253","22QT1254","22QT1255","22QT1256","22QT1257","22QT1258","22QT1259","22QT1260","22QT1261","22QT1262","22QT1264","22QT1265","22QT1266","22QT1267","22QT1268","22QT1269","22QT1270","22QT1271","22QT1272","22QT1273","22QT1276","22QT1277","22QT1278","22QT1279","22QT1280","22QT1281","22QT1282","22QT1283","22QT1284","22QT1285","22QT1286","22QT1287","22QT1288","22QT1289","22QT1290","22QT1291","22QT1292","22QT1293","22QT1294","22QT1295","22QT1296","22QT1297","22QT1298","22QT1299","22QT1300","22QT1301","22QT1302","22QT1303","22QT1304","22QT1305","22QT1306","22QT1307","22QT1308","22QT1309","22QT1310","22QT1311","22QT1312","22QT1313","22QT1314","22QT1315","22QT1316","22QT1317","22QT1318","22QT1319","22QT1320","22QT1321","22QT1322","22QT1323","22QT1324","22QT1325","22QT1326","22QT1327","22QT1328","22QT1329","22QT1330","22QT1331","22QT1332","22QT1333","22QT1334","22QT1335","22QT1336","22QT1337","22QT1339","22QT1340","22QT1341","22QT1342","22QT1343","22QT1344","22QT1345","22QT1346","22QT1347","22QT1348","22QT1349","22QT1350","22QT1351","22QT1352","22QT1354","22QT1355","22QT1356","22QT1357","22QT1358","22QT1359","22QT1360","22QT1361","22QT1362","22QT1363","22QT1364","22QT1365","22QT1366","22QT1367","22QT1368","22QT1369","22QT1370","22QT1371","22QT1372","22QT1373","22QT1374","22QT1375","22QT1376","22QT1377","22QT1378","22QT1379","22QT1380","22QT1381","22QT1382","22QT1383","22QT1384","22QT1385","22QT1386","22QT1387","22QT1388","22QT1389","22QT1390","22QT1391","22QT1392","22QT1393","22QT1394","22QT1395","22QT1396","22QT1397","22QT1398","22QT1399","22QT1400","22QT1401","22QT1402","22QT1403","22QT1404","22QT1405","22QT1406","22QT1407","22QT1408","22QT1409","22QT1410","22QT1411","22QT1412","22QT1413","22QT1414","22QT1415","22QT1416","22QT1417","22QT1418","22QT1419","22QT1420","22QT1421","22QT1422","22QT1423","22QT1424","22QT1426","22QT1427","22QT1428","22QT1429","22QT1430","22QT1431","22QT1432","22QT1433","22QT1434","22QT1435","22QT1436","22QT1437","22QT1438","22QT1439","22QT1440","22QT1441","22QT1442","22QT1443","22QT1444","22QT1445","22QT1446","22QT1447","22QT1448","22QT1449","22QT1450","22QT1451","22QT1452","22QT1453","22QT1454","22QT1455","22QT1456","22QT1457","22QT1458","22QT1459","22QT1460","22QT1461","22QT1462","22QT1463","22QT1464","22QT1465","22QT1466","22QT1467","22QT1468","22QT1469","22QT1470","22QT1471","22QT1472","22QT1473","22QT1474","22QT1475","22QT1476","22QT1477","22QT1479","22QT1480","22QT1481","22QT1482","22QT1483","22QT1484","22QT1485","22QT1486","22QT1488"]
["bin1",112350354,"A01",{"v":0,"d":"0.000"},"A","B","A","A","A","A","B","-","A","A","B","B","B","A","B","A","A","B","A","A","A","B","B","A","A","B","B","B","A","A","B","A","A","A","A","B","B","A","B","B","B","B","B","B","A","B","A","A","A","A","A","B","B","A","A","A","A","B","B","A","B","B","A","A","A","B","B","B","B","A","B","A","B","B","A","A","B","B","B","B","B","B","B","A","B","A","A","A","B","B","B","B","B","-","A","A","A","B","B","A","A","B","A","B","B","A","A","B","B","B","B","A","B","A","B","B","B","A","A","B","A","A","A","B","B","A","B","B","A","A","A","B","A","B","B","A","A","A","A","B","B","A","A","B","A","B","A","A","B","A","B","B","B","B","B","B","B","A","A","B","B","B","B","A","A","A","A","A","A","A","A","A","B","B","A","B","A","B","B","A","B","B","B","A","B","A","B","B","B","B","A","A","A","B","B","A","A","B","B","A","A","A","A","A","B","A","B","B","B","B","A","A","B","A","A","A","B","B","A","B","B","A","B","A","A","B","B","B","B","B","A","A","B","B","A","B","A","B","B","B","B","B","B","A","A","B","A","B","A","A","A","B","B","B","B","A","A"]
["bin2",111135027,"A01",0.764,"A","B","A","A","A","A","B","-","A","A","B","B","B","A","B","A","A","B","A","A","B","B","B","A","A","B","B","B","A","A","B","A","A","A","A","B","B","A","B","B","B","B","B","B","A","B","A","A","A","A","A","B","B","A","A","A","A","B","B","A","B","B","A","A","A","B","B","B","B","A","B","A","B","B","A","A","B","B","B","B","B","B","B","A","B","A","A","A","B","B","B","B","B","-","A","A","A","B","B","A","A","B","A","B","B","A","A","B","B","B","B","A","B","A","B","B","B","A","A","B","A","A","A","B","B","A","B","B","A","A","A","B","A","B","B","A","A","A","A","B","B","A","A","B","A","B","A","A","B","A","B","B","B","B","B","B","B","A","A","B","B","B","B","A","A","A","A","A","A","A","A","A","B","B","A","B","A","B","B","A","B","B","B","A","B","B","B","B","B","B","A","A","A","B","B","A","A","B","B","A","A","A","A","A","B","A","B","B","B","B","A","A","B","A","A","A","B","B","A","B","B","A","B","A","A","B","B","B","B","B","A","A","B","B","A","B","A","B","B","B","B","B","B","A","A","B","A","B","A","A","A","B","B","A","B","A","A"]
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["bin1881",143748660,"B10",110.786,"A","B","A","A","B","B","A","B","B","B","B","B","A","B","A","B","B","B","A","A","B","A","B","B","A","A","A","A","A","B","A","A","A","A","A","A","B","A","B","B","B","B","B","A","A","A","B","B","B","A","B","B","B","A","A","A","A","B","B","B","B","B","B","A","A","B","A","B","B","B","A","A","A","A","A","A","B","B","B","B","B","A","A","A","A","A","B","B","A","A","B","B","A","A","A","A","B","A","B","B","A","B","A","A","A","A","B","B","B","B","A","B","A","A","A","A","B","A","B","A","B","B","B","B","B","A","B","A","B","B","B","B","A","A","A","B","A","B","A","B","B","B","B","B","A","B","A","A","B","A","A","B","A","A","B","B","B","B","A","A","B","B","B","A","A","B","B","A","B","B","B","A","A","B","B","B","A","B","A","A","B","B","B","B","B","A","B","B","B","B","B","B","B","A","B","A","A","A","A","B","B","A","A","A","A","B","A","A","A","A","A","A","A","B","B","A","B","B","B","B","A","A","B","B","A","B","B","B","A","B","B","B","B","B","B","A","B","B","A","A","A","B","B","B","B","A","A","B","A","B","-","B","B","B","B","B","A"]

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["Table S5 Detailed information on the variants within the approximately 2 Mb candidate interval on chromosome B03"]
["Chromosome","Position","XH13","ZH6","Variation location","Variation gene","Variation effect","Variation-effect detail"]
["B03",125937680,"T","C","intronic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g468800","-","-"]
["B03",125941884,"C","T","intronic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g468900","-","-"]
["B03",125956499,"A","G","intronic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469000","-","-"]
["B03",125967299,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469000(dist=10213),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=17877)","-","-"]
["B03",125977310,"T","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469000(dist=20224),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=7866)","-","-"]
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["B03",125979309,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469000(dist=22223),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=5867)","-","-"]
["B03",125979687,"A","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469000(dist=22601),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=5489)","-","-"]
["B03",125990772,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=3753),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469200(dist=2026)","-","-"]
["B03",125990919,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469100(dist=3900),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469200(dist=1879)","-","-"]
["B03",126009497,"A","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=4066),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=66406)","-","-"]
["B03",126012084,"T","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=6653),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=63819)","-","-"]
["B03",126021912,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=16481),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=53991)","-","-"]
["B03",126023163,"TTA","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=17733),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=52738)","-","-"]
["B03",126037119,"C","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=31688),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=38784)","-","-"]
["B03",126039872,"C","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=34441),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=36031)","-","-"]
["B03",126046081,"A","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=40650),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=29822)","-","-"]
["B03",126051665,"G","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=46234),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=24238)","-","-"]
["B03",126053510,"T","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=48079),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=22393)","-","-"]
["B03",126055543,"G","GA","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=50112),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=20360)","-","-"]
["B03",126073205,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=67774),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=2698)","-","-"]
["B03",126074792,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469300(dist=69361),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400(dist=1111)","-","-"]
["B03",126076840,"T","C","exonic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400","nonsynonymous SNV","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400:arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469400.1:exon2:c.A653G:p.D218G,"]
["B03",126090574,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469500(dist=8674),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=18585)","-","-"]
["B03",126108940,"C","T","upstream","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600","-","-"]
["B03",126111460,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=1902),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=89033)","-","-"]
["B03",126115454,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=5896),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=85039)","-","-"]
["B03",126122862,"A","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=13304),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=77631)","-","-"]
["B03",126132739,"C","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=23181),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=67754)","-","-"]
["B03",126134416,"C","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=24858),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=66077)","-","-"]
["B03",126137383,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=27825),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=63110)","-","-"]
["B03",126147595,"A","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=38037),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=52898)","-","-"]
["B03",126148580,"A","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=39022),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=51913)","-","-"]
["B03",126148827,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=39269),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=51666)","-","-"]
["B03",126153309,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=43751),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=47184)","-","-"]
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["B03",126171927,"A","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=62369),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=28566)","-","-"]
["B03",126183126,"A","G","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=73568),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=17367)","-","-"]
["B03",126185235,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=75677),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=15258)","-","-"]
["B03",126193885,"TA","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469600(dist=84328),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=6607)","-","-"]
["B03",126203930,"T","C","upstream","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700","-","-"]
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["B03",126207658,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469700(dist=4582),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g469800(dist=17750)","-","-"]
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["B03",126261841,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470000(dist=7697),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470100(dist=132684)","-","-"]
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["B03",126265925,"C","T","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470000(dist=11781),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470100(dist=128600)","-","-"]
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["B03",126274404,"T","C","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470000(dist=20260),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470100(dist=120121)","-","-"]
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["B03",126292226,"G","A","intergenic","arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470000(dist=38082),arahy.Tifrunner.gnm2.ann2.Ah13g470100(dist=102299)","-","-"]
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{"sheet":"S6","index":5,"n_rows":32,"n_cols":10,"rows_kept":32}
["Table S6 Summary of the mRNA sequencing quality control data"]
["Sample","Library","Raw reads","Raw bases","Clean reads","Clean bases","Error rate","Q20","Q30","GC_pct"]
["QT696_Ⅰ_1","FRAS230290498-1r",42498808,"6.37G",41245110,"6.19G",0.02,98.41,95.29,45.16]
["QT696_Ⅰ_2","FRAS230290498-2r",41813118,"6.27G",40620790,"6.09G",0.02,98.34,95.2,44.7]
["QT696_Ⅰ_3","FRAS230290498-3r",39932672,"5.99G",38975944,"5.85G",0.02,98.53,95.67,44.74]
["QT696_Ⅱ_1","FRAS230290499-1r",41177068,"6.18G",40218722,"6.03G",0.02,98.43,95.39,46.95]
["QT696_Ⅱ_2","FRAS230290499-2r",41332074,"6.2G",39991152,"6.0G",0.02,98.54,95.67,46.95]
["QT696_Ⅱ_3","FRAS230290499-3r",43407298,"6.51G",42190714,"6.33G",0.02,98.56,95.71,46.99]
["QT696_Ⅲ_1","FRAS230290500-1r",40250028,"6.04G",39088454,"5.86G",0.02,98.6,95.78,47.64]
["QT696_Ⅲ_2","FRAS230290500-2r",39251430,"5.89G",38221286,"5.73G",0.02,98.62,95.89,47.16]
["QT696_Ⅲ_3","FRAS230290500-3r",41626720,"6.24G",40767170,"6.12G",0.02,98.61,95.83,46.94]
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["QT696_Ⅴ_2","FRAS230290502-2r",41802828,"6.27G",40627292,"6.09G",0.02,98.49,95.58,46.69]
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["QT937_Ⅰ_1","FRAS230290503-1r",41669680,"6.25G",40805074,"6.12G",0.02,98.51,95.61,44.27]
["QT937_Ⅰ_2","FRAS230290503-2r",41753484,"6.26G",40666956,"6.1G",0.02,98.31,95.08,44.04]
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["QT937_Ⅱ_1","FRAS230290504-1r",41566908,"6.24G",40582398,"6.09G",0.02,98.55,95.72,45.3]
["QT937_Ⅱ_2","FRAS230290504-2r",42271400,"6.34G",41257232,"6.19G",0.02,98.49,95.56,45.57]
["QT937_Ⅱ_3","FRAS230290504-3r",43957482,"6.59G",43011476,"6.45G",0.02,98.53,95.63,45.01]
["QT937_Ⅲ_1","FRAS230290505-1r",46755428,"7.01G",45432064,"6.81G",0.02,98.72,96.14,47.9]
["QT937_Ⅲ_2","FRAS230290505-2r",43329674,"6.5G",41916448,"6.29G",0.02,98.61,95.83,47.45]
["QT937_Ⅲ_3","FRAS230290505-3r",42171070,"6.33G",40962434,"6.14G",0.02,98.66,96.01,47.45]
["QT937_Ⅳ_1","FRAS230290506-1r",39304564,"5.9G",37927178,"5.69G",0.02,98.54,95.74,47.37]
["QT937_Ⅳ_2","FRAS230290506-3r",42913466,"6.44G",41962648,"6.29G",0.02,98.47,95.47,47.71]
["QT937_Ⅳ_3","FRAS230290506-1a",47310960,"7.1G",46648792,"7.0G",0.02,98.18,94.75,47.4]
["QT937_Ⅴ_1","FRAS230290507-1r",42521620,"6.38G",41867262,"6.28G",0.02,98.48,95.47,48.08]
["QT937_Ⅴ_2","FRAS230290507-2r",41585130,"6.24G",40867480,"6.13G",0.02,98.55,95.7,47.76]
["QT937_Ⅴ_3","FRAS230290507-3r",41831994,"6.27G",40893918,"6.13G",0.02,98.59,95.85,47.9]

{"sheet":"S7","index":6,"n_rows":45,"n_cols":85,"rows_kept":45}
["Table S7 Detailed information of 43 expressed genes in developing seeds within the physical interval of qPCB03 "]
["Gene_id","H_R4_1_count","H_R4_2_count","H_R4_3_count","H_R5_1_count","H_R5_2_count","H_R5_3_count","H_R6_1_count","H_R6_2_count","H_R6_3_count","H_R7_1_count","H_R7_2_count","H_R7_3_count","H_R8_1_count","H_R8_2_count","H_R8_3_count","L_R4_1_count","L_R4_2_count","L_R4_3_count","L_R5_1_count","L_R5_2_count","L_R5_3_count","L_R6_1_count","L_R6_2_count","L_R6_3_count","L_R7_1_count","L_R7_2_count","L_R7_3_count","L_R8_1_count","L_R8_2_count","L_R8_3_count","H_R4_1_fpkm","H_R4_2_fpkm","H_R4_3_fpkm","H_R5_1_fpkm","H_R5_2_fpkm","H_R5_3_fpkm","H_R6_1_fpkm","H_R6_2_fpkm","H_R6_3_fpkm","H_R7_1_fpkm","H_R7_2_fpkm","H_R7_3_fpkm","H_R8_1_fpkm","H_R8_2_fpkm","H_R8_3_fpkm","L_R4_1_fpkm","L_R4_2_fpkm","L_R4_3_fpkm","L_R5_1_fpkm","L_R5_2_fpkm","L_R5_3_fpkm","L_R6_1_fpkm","L_R6_2_fpkm","L_R6_3_fpkm","L_R7_1_fpkm","L_R7_2_fpkm","L_R7_3_fpkm","L_R8_1_fpkm","L_R8_2_fpkm","L_R8_3_fpkm","L_R8vsH_R8_log2FoldChange","L_R8vsH_R8_pvalue","L_R8vsH_R8_padj","L_R7vsH_R7_log2FoldChange","L_R7vsH_R7_pvalue","L_R7vsH_R7_padj","L_R6vsH_R6_log2FoldChange","L_R6vsH_R6_pvalue","L_R6vsH_R6_padj","L_R5vsH_R5_log2FoldChange","L_R5vsH_R5_pvalue","L_R5vsH_R5_padj","L_R4vsH_R4_log2FoldChange","L_R4vsH_R4_pvalue","L_R4vsH_R4_padj","gene_chr","gene_start","gene_end","gene_strand","gene_length","gene_biotype","gene_description","Subfamily","Family"]
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["Ah13g476800",225,193,221,94,121,123,75,68,105,173,116,86,199,142,172,293,284,208,349,278,187,156,212,135,138,123,191,83,115,105,3.75127656826002,3.57867588001152,3.93926821037914,2.38665222337661,2.93501474059985,2.9299990919871,2.51899318978649,2.22365930427862,2.83335081383849,4.01901356739296,3.34936036071873,2.674630086318,5.08176634461048,3.98374792425837,4.33403311005496,4.68729469244371,4.2836469675907,3.05927603591975,6.86893827992208,5.41690054226557,3.33615502562933,5.14519435028028,6.37030633357326,4.4142534837483,4.82739900691065,4.27846546038602,5.36474070870864,3.29767018068281,4.26149197205681,4.13460981446141,-0.20992264039352,0.361137763997814,0.589918765787165,0.506439031926559,0.0326391535937869,0.130718954956127,1.06375712864854,2.37286339914454E-4,0.00205056361554796,0.894547425863278,0.0135815631194339,0.048750599612997,0.0268705964998751,0.919559540210302,0.953196030606904,"arahy.Tifrunner.gnm2.chr13",127815667,127820001,"-",2942,"protein_coding","- && sp|Q9SIN1|TTL3_ARATH Inactive TPR repeat-containing thioredoxin TTL3 OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=TTL3 PE=1 SV=2 && PF13414:TPR repeat","-","-"]
["Ah13g477200",55,85,87,0,32,49,17,8,45,18,12,5,15,6,4,260,196,237,185,93,439,29,35,74,16,7,11,2,1,1,1.73824187144947,2.98768587854041,2.93963548863934,0,1.47138338022404,2.2126331044269,1.08234471987957,0.495907040114289,2.30183673443838,0.792678037940459,0.656804446847305,0.294772001391586,0.726112355552441,0.319084499596199,0.191062176483183,7.88458678473674,5.60405455526663,6.60776557899606,6.90218931411764,3.43510459877047,14.84636346233,1.81311827409303,1.99362491237125,4.58676163344729,1.06097474064927,0.461563980864919,0.585678127918811,0.15062951297306,0.0702448979257684,0.0746442198953454,-2.08332001356081,0.109258218851867,0.272087861617074,0.239930797170418,0.743120087077475,0.886405072785163,1.08817288661679,0.0751148919539904,0.198549786174343,2.74243338598326,0.0765131375282956,0.182056303966952,1.33180265371542,{"v":4.50059717849602e-05,"d":"4.50E-05"},0.000359998687055859,"arahy.Tifrunner.gnm2.chr13",127869117,127871757,"+",1552,"protein_coding","- && sp|Q5HZ05|TPPJ_ARATH Probable trehalose-phosphate phosphatase J OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=TPPJ PE=1 SV=1 && PF02358:Trehalose-phosphatase","-","-"]
["Ah13g477400",9,5,12,37,16,28,25,5,5,17,9,13,10,6,5,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0.590964158705273,0.365138080438989,0.842415967939482,3.69985817202765,1.5285053588405,2.62689353839781,3.30695134509231,0.643948900817752,0.531377452305275,1.55540810300618,1.02345431878215,1.59232125838732,1.00573527516054,0.662943967032532,0.496198959005856,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,-4.69913464311065,0.00953396413685267,0.0433959746918811,-5.90388321690542,{"v":8.18087932455885e-05,"d":"8.18E-05"},0.000856494568151864,-6.01018706501897,0.000296085131554192,2.48288067614381E-3,-7.59566584966081,{"v":4.79437148908426E-8,"d":"4.79E-08"},{"v":8.71874700637388e-07,"d":"8.72E-07"},-5.82455908252692,0.000649308432977383,0.00364022573154526,"arahy.Tifrunner.gnm2.chr13",127879527,127882671,"-",747,"protein_coding","- && - && -","-","-"]
["Ah13g477800",401,260,319,152,175,159,184,361,181,320,232,226,378,258,394,1,2,0,0,1,2,0,0,2,0,0,0,0,0,2,58.0208262365416,41.8390076595046,49.3465654494108,33.4925214290607,36.8388390550192,32.8702092537003,53.632312505044,102.449420788685,42.3869918547724,64.5158342777367,58.1346205382566,60.9981528212988,83.7715182023546,62.815407566525,86.1594603048292,0.138834566484132,0.261799189385763,0,0,0.169102113657873,0.309654633331803,0,0,0.567539986854037,0,0,0,0,0,0.683468019336732,-8.45076055692445,{"v":5.60966200278193E-16,"d":"5.61E-16"},{"v":2.45054865933002e-14,"d":"2.45E-14"},-10.2239523148384,{"v":1.54345209209607e-17,"d":"1.54E-17"},{"v":1.15610202220592E-15,"d":"1.16E-15"},-8.48902394441354,{"v":6.1963734356489e-15,"d":"6.20E-15"},{"v":5.02871347158954e-13,"d":"5.03E-13"},-7.73518132908558,{"v":8.99338351346705e-18,"d":"8.99E-18"},{"v":9.66718623371879e-16,"d":"9.67E-16"},-8.61969681159967,{"v":2.93548249107339E-22,"d":"2.94E-22"},{"v":4.75390740202633e-20,"d":"4.75E-20"},"arahy.Tifrunner.gnm2.chr13",127939070,127939683,"-",339,"protein_coding","- && sp|G7IBJ4|CN15A_MEDTR Protein CNGC15a OS=Medicago truncatula OX=3880 GN=CNGC15A PE=1 SV=1 && -","-","-"]

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["Table S8 The sequence information of the KASP markers developed for candidate variants and the detailed information for candidate genes"]
["Gene ID","Variants annotation","Chromosome","Positon","Variants","Parent","Variation-effect detail","Primers","Reporter dye"]
["Ah13g469400","Nonsynonymous SNV","B03",126076840,"T","XH13","exon2:c.A653G:p.D218G","GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTAATACCAGCAAACAGAACCTTATAT","FAM"]
[{"$nulls":4},"C","ZH6",null,"GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTAATACCAGCAAACAGAACCTTATAC","HEX"]
[{"$nulls":7},"ACTCTCAATCAGATAAAACTGGAGAG"]
["Ah13g473200","Nonsynonymous SNV","B03",127041174,"G","XH13","exon3:c.G242A:p.G81D","GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTCGCCCTCTCCAAATCCAC","FAM"]
[{"$nulls":4},"A","ZH6",null,"GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTCGCCCTCTCCAAATCCAT","HEX"]
[{"$nulls":7},"AGAAGACGGTAAAGCCCCAAG"]
["Ah13g475000","Nonsynonymous SNV","B03",127452476,"A","XH13","exon7:c.A742G:p.R248G","GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGGACAGAACCTTAACTGTGAACA","FAM"]
[{"$nulls":4},"G","ZH6",null,"GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGGACAGAACCTTAACTGTGAACG","HEX"]
[{"$nulls":7},"AAACTGACACTAAAAAGCCAGGG"]
["Ah13g477200","Upstream","B03",127868683,"G","XH13","-","GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTTATTAAAATTAGATAATGTAACATTCGTC","FAM"]
[{"$nulls":4},"C","ZH6",null,"GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTTATTAAAATTAGATAATGTAACATTCGTG","HEX"]
[{"$nulls":7},"ACATGAATCGAAAGGGAAAGAT"]
["Ah13g477400","Nonsynonymous SNV","B03",127879531,"G","XH13","exon12:c.C743T:p.S248F","GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAAGGCTCATCATTGTAATAGAAATTC","FAM"]
[{"$nulls":4},"A","ZH6",null,"GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAAGGCTCATCATTGTAATAGAAATTT","HEX"]
[{"$nulls":7},"GACAAACTAACAATGCAGTTAACAAA"]
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[{"$nulls":4},6]

{"sheet":"S9","index":8,"n_rows":5,"n_cols":3,"rows_kept":5}
["Table S9 Correlation analysis of oil content and protein content across three environments"]
[" Pearson correlation","PC","OC"]
["PC",1]
["OC","-0.766**",1]
["OC oil content; PC protein content; **,  represents the differences reached a significant level at P<0.01"]

{"sheet":"S10","index":9,"n_rows":9,"n_cols":10,"rows_kept":9,"merged":[[2,0,4,0],[5,0,7,0]]}
["Table S10 Information on quantitative trait loci related to oil content"]
["QTL","LG","Environment","POS (cM)","CI (cM)","Interval (Mb)","LOD","Add","PVE (%)","Trait"]
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