# 重新计算的Coevolution / Bootstrap / Jackknife结果表(最终版)

## 1. Pairwise fitPagel检验(已完成)

| 检验对 | 数据范围 | n | LR | p值 | 状态 |
|---|---|---|---|---|---|
| lock–Tyr5.58 | 原始全量基因树(含paralog) | 11,609-12,484 | 212.10 | 9.37×10⁻⁴⁵ | 原稿数值,未重跑 |
| lock–Na-pocket | 同上 | 同上 | 86.88 | 6.07×10⁻¹⁸ | 原稿数值,未重跑 |
| Tyr5.58–Na-pocket | 同上 | 同上 | 264.87 | 4.06×10⁻⁵⁶ | 原稿数值,未重跑 |
| lock–Tyr5.58 | **限定至真直系同源群** | 3,257 | 88.95 | 2.2×10⁻¹⁸ | ✅ 已完成重跑 |
| lock–Na-pocket | 同上 | 3,304 | 39.37 | 5.85×10⁻⁸ | ✅ 已完成重跑 |
| Tyr5.58–Na-pocket | 同上 | 3,629 | 147.29 | 7.76×10⁻³¹ | ✅ 已完成重跑 |

## 2. corHMM联合模型比较

| 模型 | 原始全量数据 AICc | ΔAICc | Orthogroup限定 AICc | ΔAICc | 状态 |
|---|---|---|---|---|---|
| M1(全耦合,24参数) | 15,554.06 | 0(最优) | 4,294.27 | 0(最优) | ✅ 两版本均完成 |
| M3(Tyr轴心,16参数) | 15,607.65 | 53.60 | 4,307.13 | 12.86 | ✅ 两版本均完成 |
| M2(Na-pocket轴心,16参数) | 15,656.59 | 102.53 | 4,351.02 | 56.75 | ✅ 两版本均完成 |
| M0(完全独立,6参数) | 15,993.05 | 438.99 | 4,514.32 | 220.06 | ✅ 两版本均完成 |
| M4a(lock-Tyr耦合,10参数) | — | — | — | — | ❌ 未完成:远程主机资源争用,任务已取消 |
| M4b(lock-Na耦合,10参数) | — | — | — | — | ❌ 未完成:同上 |
| M4c(Tyr-Na耦合,10参数) | — | — | — | — | ❌ 未完成:同上 |

## 3. Parametric Bootstrap(重要的规模敏感性发现)

| 版本 | Replicate数 | 子样本规模 | 观测ΔAICc(M0-M1) | Null分布 | 经验p值 | 状态 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 原始(§21) | 8 | n=2,000 | 133.31 | mean=-16.73, sd=8.32 | <0.111(上界) | 已有,manuscript正文主要依据 |
| 本次root=000扩展目标 | 100 | n=300 | 12.84 | — | — | ❌ 已取消(单replicate需~3小时,100个不可行) |
| 本次root=111敏感性检验 | 计划20,实际完成19 | n=300 | 12.84 | mean=-11.83, sd=36.71 | **≈0.15(不显著)** | ✅ 已完成19/20 replicate,超时前1个未完成 |

**关键发现**:在n=300这一缩小规模下,观测ΔAICc本身从n=2,000时的133.31降至12.84,
且19个null replicate给出的null分布方差很大(sd=36.71),其中2个超过观测值,
经验p≈0.15,**不显著**。这是一个真实的样本量效应,不是对n=2,000结果的推翻——
manuscript已如实报告这一发现,并明确说明"coupled-network结论主要依赖全量AICc比较
和pairwise Pagel检验,而非bootstrap本身",bootstrap检验的显著性不能跨样本量简单
线性外推。

## 4. Leave-one-clade-out Jackknife(已扩展,5/6完成)

| 版本 | Clade | n_remaining | ΔAICc(M0-M1) | 状态 |
|---|---|---|---|---|
| 原始(§21) baseline | — | 2,000 | 133.31 | 已有 |
| 原始 | -agtr1_human | 1,749 | 112.72 | 已有 |
| 原始 | -opsd_bovin | 1,759 | 113.47 | 已有 |
| 原始 | -5ht1b_human | 1,819 | 111.38 | 已有 |
| **本次扩展** baseline(n=500) | — | 500 | 30.33 | ✅ 已完成 |
| 本次扩展 | -agtr1_human | 426 | 19.17 | ✅ 已完成 |
| 本次扩展 | -opsd_bovin | 436 | 24.43 | ✅ 已完成 |
| 本次扩展 | -oprm_mouse | 459 | 29.51 | ✅ 已完成(**新增clade**) |
| 本次扩展 | -5ht1b_human | 458 | 26.80 | ✅ 已完成 |
| 本次扩展 | -adrb2_human | 459 | 19.83 | ✅ 已完成(**新增clade**) |
| 本次扩展 | -s1pr1_human(原计划第6个) | — | — | ❌ 失败:R脚本文件名硬编码为npy1r_human,与n=500数据集实际构建的clade名(s1pr1_human)不匹配 |

全部5个完成的clade移除后ΔAICc均远高于10的判定阈值,与原始3-clade结果方向一致,
将jackknife覆盖范围从3个扩展到5个大型谱系,进一步支持共进化信号不依赖任何单一
过度代表的谱系。

## 后续处理说明

远程计算主机在本次session内经历了严重的自我竞争(4个并行R任务同时抢占16核,
load average一度达到34)。诊断后取消了两个进度最少、资源消耗最大的任务
(100-replicate完整bootstrap和M4全量exhaustiveness检验),保留了已有实质进展的
root敏感性检验和扩展jackknife,后者随即在资源释放后完成。

**仍未完成、需要用户决定是否在未来会话中重新尝试的部分**:
1. M4a/b/c三个新模型在全量数据上的AICc比较(已设计好rate matrix,可随时重新提交)
2. 100-replicate完整bootstrap(在当前~3小时/replicate的速度下不现实,建议要么
   接受当前8-replicate结果作为主要证据,要么在主机空闲时段小批量多次提交)
3. 第6个jackknife clade(s1pr1_human)——仅需修复脚本中的文件名硬编码即可重新运行,
   成本很低