# Zenodo记录核实报告(https://doi.org/10.5281/zenodo.21351361)

## 核实结果:记录完整可访问

本次复核直接请求Zenodo API(`https://zenodo.org/api/records/21351361`)确认:
- 记录状态:已发布(published),access_right=open,license=CC-BY 4.0
- 标题:"Data and code for: The organizing unit of GPCR activation-switch architecture:
  a phylogenetic-scale census"
- 压缩包`GPCR_activation_switch_data_code.zip`(973,740 bytes)内含14个文件,
  与manuscript正文Methods "Data and code"小节列出的文件清单逐一核对**完全匹配**:

| Zenodo压缩包内文件 | manuscript正文提及 | 状态 |
|---|---|---|
| arg350_protection_mechanism_full.csv | ✓ | 匹配 |
| corhmm_model_comparison_summary.csv | ✓ | 匹配 |
| parametric_bootstrap_results.csv | ✓ | 匹配 |
| jackknife_results_minimal.csv | ✓ | 匹配 |
| intrahelix_rescue_corrected_classification.csv | ✓ | 匹配 |
| full_library_reclassification.md | ✓ | 匹配 |
| tm6_internal_boundary_split.csv | ✓ | 匹配 |
| ednra_resolution.md | ✓ | 匹配 |
| p2ry1_resolution.md | ✓ | 匹配 |
| figure1-5_*.png(5张) | ✓ | 匹配 |

review提出的"Zenodo DOI在检查时未能解析"这一项,本次复核未能复现——可能是review执行
时的临时网络问题,或该记录当时确实处于mint延迟状态(记录created_at=2026-07-14,
modified_at=2026-07-24)。**本次确认记录当前公开且内容完整**,该硬性完成项视为已解决。

## 待回填:本次revision新增的数据/结果(投稿前需上传新版本)

本次revision新产出以下文件,尚未包含在Zenodo现有记录中,投稿前需要作为新版本上传:

1. `orthogroup_lock_tyr_summary.csv` / `orthogroup_lock_na_summary.csv` /
   `orthogroup_tyr_na_summary.csv` —— 限定至真直系同源群的三组pairwise fitPagel
   重跑结果(n=3257-3629)
2. `orthogroup_corhmm_model_comparison_summary.csv` —— 同样限定下的corHMM四模型
   比较(n=3118)
3. `ligand_predictive_power_test.json` / `ligand_predictive_power_model_comparison.csv`
   —— ligand family对mechanism的多变量预测力检验结果
4. `table1_precise_distances_annotated.csv` —— 精确重原子距离+构建体工程属性标注
5. 扩展后的bootstrap/jackknife/M4穷尽性结果(待远程计算任务完成后一并回填)
6. 本次revision修订的manuscript全文(.md/.docx)与完整版Methods

## 建议的Zenodo更新操作
在现有concept DOI(10.5281/zenodo.21351360)下发布新版本,保留原DOI
10.5281/zenodo.21351361指向v1(review的评审对象),新版本获得新的version DOI,
manuscript正文引用最新version DOI,同时在Data availability声明中注明"v1对应
原始投稿分析,v2包含revision新增的orthogroup限定重跑、ligand预测力检验与扩展
bootstrap/jackknife结果"。